近年來，台灣的神經外科有長足的進步，除了原有的台灣神經外科醫學會之外，也陸續在大家的努力下，成立很多重要的次專科學會。這些次專科學會在廣大的神經外科領域中，深深強化各專科的永續發展及學術研究，並與國際學會接軌，使台灣成為名實相符的「神經外科大國」。

在國內的神經外科，很多醫學中心多年來早已實施立體定位手術及相關的醫療作業。這些醫療包括功能性手術（如巴金森氏症、運動障礙、癲癇、疼痛等之治療）、腦瘤定位手術及放射手術等。近年，因掃描影像及電腦的進步，更使這類技術不斷發展進步，為傳統的神經外科添加生力軍。在國際上，「立體定位功能性神經外科醫學會」是歷史悠久，極重要的醫學會。歐、美、日、韓各國都有相關學會，唯獨台灣至今仍付諸闕如。為求國內神經外科的健全發展，實有必要成立有關「立體定位、神經功能手術及放射手術」的醫學會。

本學會如能成立，必能匯集國內專家學者意見，集思廣義訂定較理想的規範，與有關單位協商，並在學術研究上互相切磋惕勵，定期開會，鼓勵後進，使國內立體定位手術更加茁壯充實，造福社會病患。 民國九十八年二月十一日由台北榮民總醫院潘宏基主任起草，將本學會(台灣立體定位功能性神經外科及放射手術學會)的概念向台灣各位專家徵求專業的意見。幸後收到來自五十位各方專家的認同並成立發起籌備委員會。第一次的籌備會議於民國九十八年六月二十日順利舉行，於此次的籌備會議中推選了籌備委員並審查學會組織章程草案，且對外公開徵求會員。同年的八月二十二日召開第二次的籌備會議，會議中確定成立大會召開的時間及地點、擬定成立大會手冊內容、決定理監事選票格式等。

本會的成立大會於九十八年十月十八日假台北榮總至德樓舉行，並在同時間舉行第一屆理監事選舉，並於會後推選潘宏基主任擔任第一屆的學會理事長。

本會成立後將本著「尊重專業、團結互利、增進醫療水準」的原則，與廣泛的請教諸位專家的意見，為會員提供服務並提升醫療學術品質。